Las JOLATE se iniciaron en la Universidad Nacional del Sur, Bahía Blanca, Argentina, en el año1999 bajo la denominación "Nuevas Tendencias en Teoría Económica". En el año 2000 fueron organizadas por la Universidad Nacional de San Luís, Argentina, en donde se decide que estas reuniones se realizarán en forma anual y a un costo relativamente bajo con el fin de promover la investigación en Teoría Económica entre los jóvenes investigadores. La organización de las Jornadas cuenta con un Comité Evaluador conformado cada año de manera ad-hoc, quienes se encargan de aceptar o rechazar los trabajos enviados para su presentación.
En el 2001, la reunión contó con el auspicio y soporte económico de la Universidad de la República, en Uruguay, y se realizó en la Universidad de Punta del Este. Estas tres primeras reuniones fueron financiadas parcialmente por el ICTP - The Abdus Salam International Centre for Theoretical Physics, Trieste, Italy.
En el 2002, las IV JOLATE se realizaron en forma conjunta por el ITAM, la UAM y la UNAM, en Ciudad de México, México. En el año 2003, se llevaron a cabo en la Universidad de Chile. En el 2004, deberían haberse realizado en Lima, Perú, pero dificultades financieras de último momento llevaron a suspender la reunión.
En el año 2005, las VI JOLATE se realizaron en la Universidad Autónoma de San Luis Potosí, México, y en el 2006 tuvieron lugar en Río de Janeiro, Brasil, en forma conjunta con el Workshop on Mathematical Economics, en honor a Aloisio Araujo. En el 2007 se realizaron en Medellín, Colombia, en el EAFIT, y en el año 2008 se llevaron a cabo nuevamente en la Universidad Nacional de San Luis, Argentina.
En el año 2009, la UNS, Argentina, fue nuevamente sede de las JOLATE. Los conferencistas invitados fueron Yves Balasko (Francia), Aloisio Araujo (Brasil), Lionnello Punzo (Italia), Martin Puchet (México), Daniel Heymann (CEPAL), Omar Chisari (UADE), Alejandro Neme (UNSL), Leandro Arozamena (Di Tella), entre otros. Al año siguiente se realizaron en la Universidad Autónoma de San Luis Potosí, México.
En el año 2011, se realizó en la ciudad de Punta del Este (Uruguay), organizadas por el departamento de Economía de la Facultad de Ciencias Sociales de la Universidad de la República, el Instituto de Matemática de la Facultad de Ingeniería y la Universidad de Montevideo. En el año 2012 se llevaron a cabo en la Universidad de los Andes, Bogotá Colombia. Al año siguiente, la Facultad de Economía de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí, (México) fue sede por tercera ocasión de las XIV Jornadas Latinoamericanas de Teoría Económica. En 2014, se vuelve a realizar en el país de México, pero en la ciudad de Guanajuato, en el Centro de Investigación en Matemáticas A.C. (CIMAT). El mismo es un centro público de investigación integrado al sistema de centros públicos CONACYT.
En el año 2015, las XVI JOLATE se realizaron por tercera vez en la provincia de San Luis, Argentina, organizadas por el Grupo de Teoría de Juegos del IMASL, en conjunto con la Asociación Latinoamericana de Teoría Económica (ALTE) y el Departamento de Matemática de la Universidad Nacional de San Luis. En el año 2016, las XVII Jornadas se llevan a cabo en la Universidad Católica de Brasilia, Brasil.
En 2017, las XVIII JOLATE se llevaron a cabo en forma conjunta con The 5th International Conference on Dynamics Games and Science 2018 (DGS-V) en México. Del mismo modo al siguiente año (2018), las XIX JOLATE y The 6th International Conference on Dynamics Games and Science (DGS-VI) se realizaron conjuntamente en Madrid.
Las JOLATE poseen el reconocimiento del capítulo latinoamericano de la Econometric Society.